为规范各级税务机关的责任和权限，提高工作效率，《公告》对税务机关内部运转程序予以明确，并提出了完成时限。《公告》第四条规定对备案人提报的资料齐全的，税务机关要当场在《备案表》上签字盖章，并将其中一份《备案表》交备案人留存；不齐全的，不予受理，并一次性告知备案人补正，待补正后再提交。同时，第五条和第六条规定主管税务机关在受理备案30个工作日内对备案事项进行调查核实、提出处理意见，并将全部备案资料以及处理意见层报省级税务机关。
同时，《公告》第五条和第六条分别对属于59号文第（一）项和第（二）项的非居民企业发生股权转让适用特殊性税务处理的程序进行了明确。
（一）第五条规定，非居民企业发生股权转让属于59号文第七条第（一）项情形的，直接向主管税务机关备案即可。
（二）对于非居民企业股权转让属于59号文第七条第（二）项情形的，由于在实际操作中会存在被转让企业和受让方在同一省和不在同一省或分别由国、地税管辖的情况，《公告》分别进行了明确。
1．受让方和被转让企业在同一省市且同属国税或地税机关管辖的，按照《公告》第五条规定执行。
2．受让方和被转让企业不在同一省市或分别由国、地税管辖的，为保证税务处理的一致性，需要受让方所在地省级税务机将受理情况以书面方式告知被转让企业所在地省级税务机关，并通过设计使用《非居民企业股权转让适用特殊性税务处理告知函》（简称《告知函》）规范告知内容。
此外，对59号文第（一）项中“没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化”做出明确规定，即税务机关在事后调查核实时，如发现此种股权转让情形造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，包括由应征税的国家或地区转让到按税收协定（含税收安排）不征税或低税率的国家或地区，应不予适用特殊性税务处理。
四、明确对未分配利润的处理
在实际操作中，对未分配利润的处理存在以下问题：一是部分税务机关在受理非居民企业股权转让适用特殊性税务处理备案时，因担心失去对转让前股息所得税的征税权，仅仅因为被转让企业存在未分配利润便判定其股权转让不具有合理的商业目的而不予备案；二是要求被转让企业在股权转让前将未分配利润进行分配并扣缴股息所得税。同时，各地对未分配利润的征税权也存在争议。这些都需要总局明确，否则既影响非居民企业股权转让适用特殊性税务处理的正常备案，也加大了税务机关的执法风险。
为此，为给非居民企业及时享受特殊性税务处理提供税收上的确定性，防范非居民企业利用重组避税或延迟纳税，《公告》第八条规定：一是对被转让企业转让前后的未分配利润进行区分；二是对转让方和受让方不在同一国家（地区）的，被转让股权转让前的未分配利润在转让后分配的，不享受税收协定的优惠税率待遇。例如，某美国企业将其100%控股的中国居民企业的股权转让给其100%控股的某香港企业，中国居民企业在被转让后分配其转让前的未分配利润给香港企业的，不能享受内地与香港税收安排对股息所得减按5%的优惠税率。
第八条还规定，对股权转让前的股息所得税由被转让企业履行扣缴义务并到其所在地主管税务机关申报缴纳。
五、其他事项
（一）对于实施时间，根据立法法和总局有关规定，自《公告》发布之日起施行。对实施之前发生的非居民企业股权转让适用特殊性税务处理尚未处理的相关事项，可依据本《公告》规定执行。
（二）关于698号文的规定。鉴于对非居民股权转让适用特殊性税务处理实行备案制，原698号文第九项规定的由省级税务机关核准的内容应废止。故将698号文第九项同时废止。
